药王庙会是药王香火会演变而来。据明万历年间药王庙内碑文记载，每年举办一次药王庙会，清雍正间已“年年两会”，药材庙会有“春五秋七”之说，即春庙5个月，秋庙7个月，经年不断。春庙的正期是农历四月二十八日，传说为药王生日，因此，这一天是春庙最盛的一天。药商云集，善男信女顶礼膜拜者，有如潮涌。冬庙则以农历十月十五日为正期，盛况同春庙。

    药王庙会有其独特的酬神形式和参拜礼仪。酬神：富裕者，演戏3天或5天，甚至半月；敬4抬或8抬大供；献鼎、树伞、塑金身、挂匾、献袍、捐香火地。贫困者叩头，由患者或家人一步一扣至殿前止；劳役：到庙内扫地一天或数日。礼仪：一般百姓和药商团体拜谒，行四扣礼，另供面食、三牲祭品。自清至民国，凡本县长官，每月初一、十五临庙祭祀，行三跪九叩礼。“七.七”事变后此礼方废。平时每月初一、十五日开药王庙旁门，任百姓参拜；春庙四月二十八日，冬庙十月十五日开启正门，俗称“正日子”，供各界人士参拜。参拜者自备供品行一跪四扣礼。“十三帮”药商团体参拜，鸣放鞭炮，吹奏鼓乐，以示富有和对药王的虔诚。

    庙会期间还有丰富多彩的游艺活动。庙会由“十三帮”轮流主持，每帮三天。主持者为显示本帮实力，往往同时雇请三、四个戏班，在药王庙戏楼和南关大、小药市献戏，昼夜不停。每帮第一天演戏时，于殿前摆供、上香，献戏日不做生意。最后一天，在戏台前聚餐，谓之“乐宴”。演戏日，各帮均大事铺张，药王庙前，南关大、小药市悬灯结彩、挂旗张幔、争奇斗艳。历届以京通卫帮最为豪华富丽，北京同仁堂乐家父子备有京剧行头，每年必粉墨登场，亲酬药王。此外，耍猴子卖艺、跑马戏、演魔术、说鼓书、拉洋片的遍布庙会各个角落。

    民国以前，“每逢庙期，国内各地药商各携珍贵药品到安固，同时虽远在南洋、日本、朝鲜等国之药商，亦必弗辞跋涉，远道前来参与”。1939年，日军侵占安国，每年两次的药材庙会中断。